Mediciones en tomografía, cone beam y cualquier DICOM con 3D Slicer

Oct 4, 2021 | 3d-slicer

El uso de volúmenes tomográficos y otra imágenes DICOM aporta información con exactitud dimensional. En este post veremos como realizar todo tipo de mediciones en segundos con 3D Slicer.

Esta es la 4ta parte de este curso de 3D Slicer, si quieres empezar por el principio mira el Tutorial de 3d Slicer parte 1.

Medidas con 3D Slicer – Módulo de Markups

Como ya se explicó en otros tutoriales, 3D Slicer tiene un sistema modular y en el caso de las mediciones, todo se maneja desde el panel Markups (marcas). Este panel es accesible desde el menú desplegable Module Selection o como acceso directo en la barra de herramientas.

Las herramientas de este módulo se encuentran en la sección Create del panel o en el menú desplegable Create and Place en la parte superior de la barra de herramientas.

Nodos tipo Markups

Cada vez que agregamos una marca o medida se crea un Nodo. Este nodo no es más que un contenedor que facilita la organización en 3D Slicer. Estos nodos se pueden observar en la lista del menú DATA o en la sección Node del panel Markups.

Panel Markups

Existen 7 tipos de Nodos tipo marca, todos se crean automáticamente al seleccionar una herramienta en la sección Create:

  • Fiducial: Son puntos que se pueden usar como referencias para señalar cualquier estructura en el volumen.
  • Line: Es una medición lineal entre 2 puntos.
  • Angle: Para medidas angulares que se registran en grados.
  • Curve: Se crea con la herramienta Open Curve y es una medición curva que no se conecta en sus extremos.
  • Closed Curve: Como su nombre lo indica, es una curva cerrada que se conecta en sus extremos. Empieza de forma circular, pero se puede adaptar a cualquier configuración deseada agregando más puntos de control. (vease agregar y modificar marcas)
  • Plane: Un plano de forma cuadrada o rectangular.
  • ROI: Región de Interés, es una marca en forma cúbica que sirve para medir volúmenes y para señalar zonas que se desean estudiar.

Configuración de las mediciones: Display

Esta sección permite configurar la manera en que las marcas se muestran en los cortes 2D y en la vista 3D:

  • Visibility: Si está activada muestra la marca en ambas vistas y se puede regular la opacidad general.
  • Glyph Size: Modifica el tamaño de los puntos de control, cuando se activa la opción Absolute se configura un grosor específico, de lo contrario es un porcentaje con respecto a la perspectiva.
  • Text Size: Cambia el tamaño del texto.

Interaction Handles

  • Visibility: Muestra pequeños manipuladores para trasladar o rotar la marca
  • Translate: Activa la opción trasladar
  • Rotate: Activa la opción rotar.

Advanced

  • View: Permite elegir en donde se debe mostrar la marca (Vista 3D, Ventana Roja, Verde, amarilla).
  • Selected Color: Es el color que se muestra cuando la marca está seleccionada en el panel Control Points.
  • Unselected Color: El color que se muestra cuando la marca no está seleccionada en el panel Control Points.
  • Active Color: El color que se muestra al pasasr el mouse encima de la marca.
  • Glyph Type: Permite elegir entre varios tipos de figuras para los puntos de control (Esfera, cruz, circulo, etc)
  • Line Thickness: Especifica el grosor de la línea.
  • Outline: La opacidad de la línea en marcas como el área o ROI.
  • Fill: Opacidad del relleno en marcas como el área y ROI.
  • Properties Label: Muestra u oculta el nombre de la marca.
  • Point Labels: Muestra u oculta el nombre de los puntos de control.

Text Display

  • Font: Fuente del texto mostrado
  • Bold, Italic, Shadows: Negrita, Cursiva y sombra en el texto
  • Background: Permite elegir un color y opacidad para el fondo del texto.

Configuración de las mediciones: Puntos de control

Esta sección permite configurar cada uno de los puntos o extremos en las marcas. Estos elementos se llaman puntos de control y pueden modificarse directamente en las vistas y con clic derecho sobre la marca o en esta sección del panel Markups.

  • Interaction in Views: Desbloqueado por defecto. Permite bloquear la modificación de las marcas en las vistas.
  • Click to Jump Slices: Cuando esta activo alinea los cortes con la marca seleccionada. (Offset: Solo alinea la posición, Centered: Alinea la posición y centra la vista en la marca).
  • Show Slice Intersections: Muestra las líneas de intersección en las vistas ortogonales.
  • Toggle Visibility (ojo): Muestra y oculta todos los puntos de control a la vez
  • Toggle Selected (check): Selecciona o deselecciona todos los puntos de control a la vez
  • Toggle Lock (candado): Bloquea o desbloquea la interacción de todos los puntos de control a la vez.
  • Delete the highlighted (basurero con linea horizontal): Elminina el punto de control seleccionado.
  • Delete all markups (basurero) Elimina todos los puntos de control
  • Cut (tijeras): Corta el punto de control seleccionado
  • Copy(hoja): Copia el punto de control seleccionado
  • Paste:(tablero) Pega el punto de control copiado o cortado

Luego se muestra una lista con los puntos de control para esa marca y sus propiedades (Seleccionado, Bloqueado, Visible, Nombre, Descripción y posición).

La posición se hace en base a los cortes que hay en el volumen, ciendo el corte central la posición 0. Cabe destacar que los puntos de control solo son visibles cuando el corte está ubicado sobre una posición cercana.

Configuración de las mediciones: Medidas

Esta sección muestra las medidas que están disponibles según el tipo de marca que se utilice. En la primera parte se mostrará el resultado de todas las opciones activas y en la sección Measurement Settings se puede elegir que se va a mostrar:

  • Leght: Longitud en mm
  • Curvature mean: Curvatura media
  • Curvature max: Curvatura Máxima
  • Area: Área en mm2
  • Volume: Volumen en mm3

Como crear mediciones en 3D Slicer

Ya está claro como funciona el panel Markups, ahora veremos como utilizarlo para realizar medidas en 3D Slicer.

Agregar y modificar marcas

Ya sea desde el panel Markups o desde la barra de herramientas, una vez elegida la opción deseada solo es necesario hacer clic en la vista 2D o 3D y se agregará un punto de control.

Area y perímetro de la vía aérea con 3D Slicer

En el caso de los Fiduciales es posible agregar puntos de manera continua seleccionando la opción persistent en el menú desplegable de la barra de herramientas.

En el caso de las curvas la colocación cotinua está activada por defecto y se puede detener con Clic derecho luego de colocar el último punto. El Clic derecho se puede usar para cancelar la colocación de un punto de control en cualquier momento.

Se pueden agregar puntos de control adicionales en las marcas tipo curva con Ctrl + Clic izquierdo sobre la linea de la curva (Debe cabiar de color por estar activa)

Para las marcas tipo Plano y ROI, se debe colocar 2 puntos de control primero y luego se puede arrastrar hasta lograr el tamaño deseado.

Cualquier punto de control se puede modificar arrastrandolo hacia la posición deseada en la vista 3D o cualquiera de las vistas ortogonales.

Parra eliminar un punto de control desde cualquier vista se puede presionar clic derecho sobre el mismo y seleccionar la opción Delete Point.

Conclusiones

Estas herramientas permiten gran presción y personalización de una manera rápida y sencilla. Las mediciones lineales, angulares, volumétricas, etc… Son de gran ayuda en odontología.

Dentro de la ortodoncia, esta herramienta se puede utilizar fácilmente para la cefalometría 3D o el calculo de la disponibilidad de espacio, dentro de la endodoncia permite hacer la conductometría 3D y en el campo de la implantología, facilitará la planeación tridimencional mediante tomografía.

Si tienes comentarios o preguntas, no dudes en escribirlos y si estás interesado en aprender a diseñar guías quirúrgicas con 3D Slicer, no dudes en revisar mi curso aquí abajo.↓↓↓↓↓↓

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