Organizar archivos DICOM – Curso 3D Slicer parte 8

May 30, 2022 | 3d-slicer

En esta octava lección discutiremos como organizar archivos DICOM en bases de datos para poder acceder a ellos rápidamente y ahorrar espacio en disco.

Organizar archivos DICOM

Una de las grandes ventajas de trabajar con 3D Slicer es la capacidad de generar y utilizar bases de datos.

En el módulo DICOM podremos realizar ciertas configuraciones que faciliten este trabajo y optimizar el la organización de los volúmenes tomográficos.

¿Qué es DICOM?

DICOM es un protocolo (formato) de comunicación para imágenes médicas. En pocas palabras, es un método estandarizado para almacenar, compartir y visualizar radiografías, tomografías y muchos otros tipos de imágenes médicas.

Este fichero se almacena como una serie de archivos en el computador que no solo contienen las imágenes del paciente, sino también su información, como el nombre, fecha del estudio, ID, etc…

La ventaja de esta configuración es que las imágenes siempre llevarán consigo la identificación del paciente, pero ya que en un mismo fichero se pueden almacenar una o muchas imágenes distintas a la vez, estos archivos suelen ocupar mucho espacio de almacenamiento.

Cuando recibimos un volumen en formato DICOM, es común que el tomógrafo incluya copias del mismo volumen en el fichero, o imágenes adicionales como reconstrucciones 2D, o simplemente imágenes ejemplo.

Más adelante en este tutorial veremos como eliminar todas esas imágenes extra y quedarnos solo con el volumen que nos interesa.

Como organizar archivos DICOM en la base de datos de 3D Slicer

Cuando trabajamos con volúmenes tomográficos, radiografías, resonancias, o cualquier otro archivo que se almacene en formato DICOM, es común tener dificultad para organizar tantos archivos. En estos casos 3D Slicer nos ofrece la posibilidad de crear una base de datos para facilitar su uso.

¿Qué es una base de datos DICOM?

En esencia, una base de datos no es más que una lista ordenada de información, en este caso la información del paciente.

Gracias a dicha lista, es posible encontrar los casos de cualquier paciente utilizando sus nombres, apellidos, o cualquier otro identificador.

Organizar archivos DICOM

En el módulo de DICOM de 3D Slicer la base de datos presenta 7 parámetros por defecto:

  • Nombre del paciente
  • ID del paciente
  • Fecha de Nacimiento
  • Sexo
  • Cantidad de estudios
  • Fecha del último estudio
  • Fecha en que fue agregado

Por defecto los pacientes se ordenen por la fecha en que fueron agregados a la base de datos (última columna). Sin embargo, es posible organizar con cualquier otra columna dando clic en la parte superior de la misma.

Como buscar en la base de datos DICOM

En la parte superior de el panel DICOM database, se encuentran 3 cajas de búsqueda, al escribir un parámetro en la caja, 3D Slicer mostrará toda la información que se relacione con la busqueda:

  1. Patients: Permite buscar utilizando cualquier identificador del paciente, nombre, apellido, fecha de nacimiento, fecha del estudio, etc…
  2. Studies: Ya que un mismo paciente puede tener varios estudios, esta caja permite buscar un estudio en concreto del paciente seleccionado usando parámetros como el ID del estudio, la fecha del estudio o la descripción.
  3. Series: Como se mencionó en un inicio, cada conjunto de archivos DICOM (estudio) puede contener varias imágenes dentro, estas normalmente están clasificadas entre si y en esta caja es posible buscar en base a la descripción, el tamaño, la fecha, etc…

Configurar la base de datos DICOM en 3D Slicer

Base de datos DICOM 3D Slicer

En la esquina inferior izquierda de este módulo, es posible encontrar las configuraciones de la base de datos.

Algunas opciones adicionales también se pueden encontrar en el menú Edit / Application Settings / DICOM.

  • Database location: Permite seleccionar una carpeta en la cual se guardarán las bases de datos. En caso de ya existir una base de datos en esa locación, 3D slicer lo cargará, de lo contrario. creará una nueva.
  • Maintenance: Permite eliminar los archivos que no se encuentran disponibles (remove unavailable data_sets) o todos los archivos de la base de datos (Remove all data sets).

Es recomendable eliminar cada cierto tiempo los archivos que ya no están disponibles para volver más eficiente el trabajo con la base de datos DICOM.

Agregar archivos en el 3D slicer database

Existen dos formas muy sencillas de agregar datos a estas bases.

La primera es arrastrando cualquier carpeta dentro de la ventana de 3D Slicer. El software examinará el contenido de la carpeta y subcarpetas y agregará todos los ficheros DICOM disponibles. Este método se explica a detalle en la primera lección del curso de 3d Slicer

Importar DICOM

Una segunda forma es presionando el botón Import DICOM files que abrirá el explorador de archivos y podremos elegir una carpeta que contenga los ficheros o volúmenes DICOM.

Al presionar el botón Show DICOM database se muestra u oculta el panel derecho con la lista de volumenes.

Exportar archivos DICOM en 3D Slicer

Si queremos exportar un archivo DICOM que hayamos modificado, o como un método de grabar solamente las imágenes que nos interesa de cada estudio, podemos utilizar el módulo DATA.

En la pestaña Subject hierarchy se encuentra una lista de todos los elementos (series) que han sido cargados en el estudio. Estos elementos representan un conjunto de imágenes del paciente y pueden ser exportadas infividualmente.

Para ello, basa con presionar clic derecho sobre la serie deseada y elegir la opción Export to DICOM…

Esto abrirá una nueva ventana donde encontraremos todos los parámetros relativos a este paciente.

Cabe destacar que si la serie forma parte de un estudio en concreto, la información del paciente será heredada del estudio. Por ejemplo, en la imágen la serie Unamed Serires pertenece al estudio Paciente a exportar y al exportarla tendrá ya incrustados todos los datos que posee el estudio original.

Por el contrario, si la serie no pertenece a ningún estudio, la ventana DICOM Export no mostrará ninguna información y deberemos llenarla manualmente.

Cualquier dato del paciente puede ser configurado dando doble clic en la casilla correspondiente e ingresando el valor deseado.

DICOM export en 3D Slicer

  1. Select Node: En este paso aún podemos elegir cualquier serie que deseemos exportar.
  2. Select export Type: La opción Scalar Volume exporta el volumen o imágenes correspondientes a ese volumen. La opción Slicer data Bundle exporta los archivos pertenecientes a la escena de 3D Slicer.
  3. Edit DICOM tags: Aquí se encuentra toda la información del paciente y podremos editarla antes de la exportación.
  4. Export to folder: Si está marcado nos permite elegir una carpeta en la cual exportar el archivo

Una vez configurados todos estos parámetros, solo basta con presionar export y 3D Slicer guardará una copia de esta serie en la carpeta seleccionada.

Utilizando este método, es posible almacenar solo la parte o partes del estudio necesarias en una carpeta nueva y luego borrar el archivo original que contenía todas esas imágenes extra.

Este método permitirá ahorrar espacio en disco y mantener los archivos DICOM bien organizados limitando el espacio de almacenamiento, sin comprimirlos.

Posibles errores

Cuando una carpeta se ha movido de su ubicación original o se ha eliminado, 3D slicer no será capaz de encontrarla y arrojará un error. Para solucionarlo, basta con volver a arrastrar la carpeta dentro de 3D slicer y la información se actualizará.

Y aquí termina esta lección. Si te ha gustado, no dudes en comentar y si tienes inquitudes al respecto, dejalas también en los comentarios.

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